體內半胱氨酸含有巰基(-SH)，而胱氨酸含有二硫鍵(-S-S- )，二者可以相互轉化。半胱氨酸在體內分解時，有以下幾條途徑:

  ①直接脫去巰基和氨基，生成丙酮酸、NH3和H2S。H2S再經氧化而生成H2SO4。

  ②巰基氧化成亞磺基，然后脫去氨基和亞磺基，最后生成丙酮酸和亞硫酸，后者經氧化后可變為硫酸。

  ③半胱氨酸的另一代謝產物是?；撬?，它是膽汁酸的組成成分，膽汁酸鹽有助于促進脂類的消化吸收。

  ④半胱氨酸也是合成谷氨酰胺的原料。谷胱甘肽(glutathion)是由谷氨酸、半胱氨酸和甘氨酸所組成的三肽，它的生物合成不需要編碼的RNA。而與一個稱之為"g-谷氨?；h"的氨基酸轉運系統相聯系。